WordPress Thread Comment
http://wordpress.org/extend/plugins/wordpress-thread-comment/
Es un plugin para tener comentario anidados. Está muy conseguido porque además de verse limpio, permite notificar las respuestas por correo electrónico.

También permite AJAX y es muy configurable. Puedes personalizar el email y muchas más cosas. Puedes mover los comentarios de orden. El administrador debe modificar el número que aparece, y poner el número del comentario padre.

Actualización: Al parecer WP 1.7 ya dispone de este sistema sin necesidad de plugins. Settings>Discussion pero a mí no me funciona y no trae todas las opciones que trae este plugin.